АШУҮИС-ийн Монгол-Японы эмнэлэг нь нийт 36 алба тасаг нэгжийн тусламжтай үйл ажиллагаагаа амжилттай явуулсаар байна.
Үүнд эмнэлгийн удирдлага нь Эмнэлгийн захирал, Чанар аюулгүй байдал эрхэлсэн дэд захирал, Эмнэлзүй эрхэлсэн дэд захирал, Сувилахуй эрхэлсэн дэд захирал, Захиргаа санхүү эрхэлсэн дэд захиралийн хүрээнд 36 алба тасаг нэгжүүд ажиллаж байна.
Чанар аюулгүй байдлын хүрээнд
1. Халдварын сэргийлэлт, хяналтын алба
2. Эмнэлгийн мэргэжилтний баталгаажилт, чанарын удирдлагын алба
3. Эрсдэлийн удирдлагын алба
Эмнэлзүй эрхэлсэн дэд захиралын хүрээнд
1. Мэс заслын тасаг
2. Мэдээгүйжүүлэх хагалгааны нэгдсэн тасаг
3. Яаралтай түргэн тусламжийн тасаг
4. Эрчимт эмчилгээний тасаг
5. Дүрс оношлогооны тасаг
6. Эмнэлзүйн төв лаборатори
7. Дурангийн тасаг
8. Амбулатори
9. Доторын нэгдсэн тасаг
10. Эм зүйн алба
11. Монголын уламжлалт анагаах ухааны үндэсний төв
12. Хүүхдийн тасаг
13. Эмэгтэйчүүдийн тасаг
14. Үйлчлүүлэгчийг дэмжих алба
15. Эрүүл мэндийг дэмжих төв
16. Эмгэг судлалын тасаг
17. Зүрх судасны тасаг
18. Мэдрэл судлалын тасаг
19. Чих, хамар, хоолойн тасаг
20. Нүд судлалын тасаг
Захиргаа Санхүү Эрхэлсэн дэд захирлын хүрээнд
1. Захиргаа, хүний нөөцийн хөгжил, сургалтын алба
2. Маркетинг, борлуулалтын алба
3. Стратеги, төлөвлөлт, мониторингийн алба
4. Санхүүгийн алба
5. Хангамж түгээлтийн алба
6. Мэдээлэл, тенхнологийн алба
7. Тоног төхөөрөмжийн алба
8. Бүртгэл, даатгал, статисткийн алба
9. Хоол шимж тэжээлийн алба
10. Ариутгал угаалгын алба
11. Байгууламжийн менежмент, үйлчилгээний алба
Сувилахуйн алба